4，業(yè)務范圍不同。
　　注冊會計師審計主要是財報審計，以財報審計拓展到代編財務信息，執(zhí)行商定程序、財務咨詢等活動。而內(nèi)部審計是以企業(yè)財務活動為基礎(chǔ)，拓展到以管理領(lǐng)域為主的一種審計活動。
　　現(xiàn)在市面上的一些內(nèi)部審計的書主要講的不是財務審計方面的內(nèi)容，主要是避免與注冊會計師審計重復和有的內(nèi)部審計專家的錯誤觀念導至，但是索耶在期著作中明確告誡“在熱衷于這些審計所產(chǎn)生的有利影響時，絕不能走得太遠，決不能乎視基本的財務審計和經(jīng)濟業(yè)務審計”。
　　5，審計標準不同。
　　內(nèi)部審計的標準是公認的方針和程序，注冊會計師的標準是會計準則和相關(guān)法律法規(guī)。
　　6，專業(yè)勝任能力要求不同。
　　內(nèi)部審計要求具備一定的管理知識水平，由于內(nèi)部審計的目標是幫助企業(yè)實現(xiàn)其目的，改善機構(gòu)動作并增加價值，故要求內(nèi)部審計人員具備一定的管理知識與水平。
現(xiàn)代企業(yè)內(nèi)部審計工作主要涵蓋的內(nèi)容
　　1、財務收支審計。主要是評價和監(jiān)督企業(yè)是否做到資產(chǎn)完整、財務信息真實及經(jīng)濟活動收支的合規(guī)性、合理性及合法性，對會計記錄和報表分析提供資料真實性和公允性證明；
　　2、經(jīng)濟責任審計。是評價企業(yè)內(nèi)部機構(gòu)、人員在一定時期內(nèi)從事的經(jīng)濟活動，以確定其經(jīng)營業(yè)績、明確經(jīng)濟責任，這里包括領(lǐng)導干部任期經(jīng)濟責任審計和年度經(jīng)濟責任審計。
　　3、經(jīng)濟效益審計。審計重點是在保證社會效益的前提下
　　以實現(xiàn)經(jīng)濟效益的程序和途徑為內(nèi)容，對企業(yè)的經(jīng)營效果、投資效果、資金使用效果做出判斷和評價，其中基建工程預決算審計應為重中之重。
　　4、內(nèi)部控制制度評審。主要是對企業(yè)內(nèi)部控制系統(tǒng)的完整性、適用性及有效性進行評價。
　　5、開展明晰產(chǎn)權(quán)的審計。審計明晰其產(chǎn)權(quán)歸屬，避免造成國有資產(chǎn)、集體資產(chǎn)流失或其他有損企業(yè)利益的行為。
　　6、其他審計。結(jié)合企業(yè)自身行業(yè)特點，開展對經(jīng)營、管理等方面的審計工作，以增強醫(yī)院后備能量。
內(nèi)部審計和自我評估體系
　　對于客觀性和公正性的需要（這一點對于銀行業(yè)內(nèi)審部門尤其重要）并不一定排除內(nèi)審部門參與咨詢或建議工作的可能性。由于需要對決策行為進行控制，為確保管理層作出有根據(jù)的決策，建議高級管理層完善內(nèi)部控制常常是一種節(jié)省成本的做法。但是，其他形式的建議或咨詢應當是內(nèi)部審計基本職能的輔助性工作，因為內(nèi)部審計是一項銀行內(nèi)部的獨立評估工作，用于審查和評價銀行的內(nèi)控體系（包括對財務報告過程的控制）。同時，即使內(nèi)審人員已經(jīng)建議高級管理層如何設(shè)置內(nèi)部控制，他們也可就高級管理層直接或指導下建立起來的內(nèi)控體系作出分析和評判。