（三）這里需要注意的是，扣減進項稅額的計算依據(jù)不是按該貨物、應(yīng)稅服務(wù)或者應(yīng)稅服務(wù)的原來的進價，而是按發(fā)生上述行為的當(dāng)期實際成本計算。實際成本是企業(yè)在取得各項財產(chǎn)時付出的采購成本、加工成本以及達到目前場所和狀態(tài)所發(fā)生的其他成本，是相對于歷史成本的一個概念。
　　如試點地區(qū)某運輸企業(yè)2012年1月購入一輛車輛作為運輸工具，車輛不含稅價格為30萬元，增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅款為5.1萬元，企業(yè)對增值稅發(fā)票進行了認證抵扣。2013年12月，由于經(jīng)營需要，運輸企業(yè)將車輛作為接送員工上下班工具使用。車輛折舊期限為5年，采用直線法折舊。該運輸企業(yè)需將原已抵扣的進項稅額按照實際成本進行扣減，扣減的進項稅額為5.1÷5×3＝3.06萬元。
　　
　　第二十八條　納稅人提供的適用一般計稅方法計稅的應(yīng)稅服務(wù)，因服務(wù)中止或者折讓而退還給購買方的增值稅額，應(yīng)從當(dāng)期的銷項稅額中扣減；發(fā)生服務(wù)中止、購進貨物退出、折讓而收回的增值稅額，應(yīng)從當(dāng)期的進項稅額中扣減。
　　
　　本條是對納稅人扣減銷項稅額和進項稅額的規(guī)定。這一條款體現(xiàn)了權(quán)利與義務(wù)對等的原則，從銷售方的角度看，發(fā)生服務(wù)中止或折讓時，計算征收增值稅的銷售額減少，因此可以扣減自己的銷項稅額，減少納稅義務(wù)。而從購買方的角度看，發(fā)生服務(wù)中止、購進貨物退出或折讓時對方應(yīng)納增值稅減少，相應(yīng)要扣減自己的進項稅額。這樣做，可以保證銷貨方按照扣減后的稅額計稅，購買方同樣按照扣減后的進項稅額申報抵扣，避免銷售方減少了銷項稅額但購買方不減少進項稅額的情況發(fā)生，保證國家稅款能夠足額征收。
　　
　　第二十九條　有下列情形之一者，應(yīng)當(dāng)按照銷售額和增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票：
　　（一）一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務(wù)資料的；
　　（二）應(yīng)當(dāng)申請辦理一般納稅人資格認定而未申請的。
　　
　　為了加強對符合一般納稅人條件的納稅人的管理，防止他們利用一般納稅人和小規(guī)模納稅人的兩種不同的征稅辦法達到少繳稅的目的，實施辦法制定了一項特殊的制度。對一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務(wù)資料的，對試點納稅人銷售額超過小規(guī)模納稅人標準，未申請辦理一般納稅人認定手續(xù)的，要按銷售額依照增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票。
　　這項措施是一項帶有懲罰性質(zhì)的政策，其目的在于防止納稅人利用一般納稅人和小規(guī)模納稅人兩種不同的征稅辦法少繳稅款。此外，本條第一款進一步明確了會計核算不健全的情況，只適用于一般納稅人。